Amikor két és fél év múlva visszatért Konohába, találkozik Sakuraval. Kiderül, hogy a többiek letették a chunin vizsgát. De ami meglepte, hogy Gaaraból Kazekage lett. Ekkor elhatározta, hogy eredeti célja mellett még jobban fog edzeni. Amikor Gaarat kellett megmenteni, akkor Deidarával, az Akatsuki egyik tagjával küzdött meg. Az Akatsuki egy szervezet gonosz elit nindzsákból, akik a Kyuubihoz hasonló démonokkal uralni akarják a földet.

Gaara megmentése után csatlakozik hozzá és Sakurához Sai, egy ANBU, akinek célja Sasuke megölése volt, de Naruto annyira hatott rá, hogy végül ő is segíteni akart, amikor megtalálták Sasukét.

Amikor kiderült, hogy Sasuke megölte Orochimarut, létre jött egy nyolc fős csapat, akiknek céljuk, megkeresni Itachit, Sasuke bátyját és vele elcsalni Sasukét Konohába. Most jelenleg ott tart a manga, hogy úgy tűnik Itachi meghalt, viszont inkább a nagy kimerültségben mintsem Sasuke erejétől, bár úgy tűnik Sasukénak ez is elég, mivel elérte a célját. Eközben úgy néz ki, Shino bepöccen Tobira, és támadásba lendül