Chakrát írhatnak le hatalomként vagy energiaként, amire egy nindzsának szüksége van azért hogy technikákat hajtson végre. A csakra két fő részből, a testenergiából és lelki energiából áll. Testenergiát csapolhatnak meg a testedben levő cellákból. A testenergia egy nindzsa elméjének erőt nyújt. Lelki energiát szereznek tréninggel vagy csatával kapcsolatos bizonyos tapasztalatokról általában.